شكّل الاحتلال الإيراني للجزر الإماراتية الثلاث منذ نوفمبر 1971م ، عامل قلق عميق أعاق إلى حد كبير إمكانية توسيع العلاقات بين دول المجلس مع إيران . كما أعرب المجلس مراراً عن رفضه واستنكاره لتدخلات إيران المتكررة في الشئون الداخلية لبعض دول المجلس . وعملت دول مجلس التعاون على وضع اطار جماعي للعلاقات ، حيث تبنى المجلس أسساً ثابتة ومشتركة للتعامل مع ايران ، ترتكز على مبادئ حسن الجوار ، وعدم التدخل في الشئون الداخلية ، وحل النزاعات بالوسائل السلمية ، ورفض سياسة فرض الأمر الواقع بالقوة . كما ناشدت دول المجلس ايران الاستجابة لمبادرة دول مجلس التعاون والامارات العربية المتحدة لحل قضية احتلال ايران للجزر الثلاث بالوسائل السلمية ، وأن تترجم ايران توجهاتها السياسية الايجابية المعلنة الى واقع عملي ملموس.