منذ عام 1992م أصبح موضوع الجزر الثلاث ، طنب الكبرى وطنب الصغرى وأبو موسى ، التابعة للإمارات العربية المتحدة ، بنداً ثابتاً على جدول أعمال المجلس الأعلى والمجلس الوزاري . ولقد ساندت دول المجلس موقف الإمارات العربية المتحدة من قضية الجزر ، وطالبت إيران بإنهاء احتلالها للجزر الإماراتية الثلاث ، والدخول في مفاوضات مباشرة مع الإمارات حول قضية الجزر الثلاث المحتلة ، أو إحالة القضية إلى محكمة العدل الدولية.
ومن الخطوات الهامة في هذا الإطار ، قـرار المجلس الوزاري في دورته الحادية والسبعين التي عقدت في مدينة جده بتاريخ 3 يوليو 1999م ، الخاص بإنشاء لجنة وزارية من كل من المملكة العربية السعودية ، وسلطنة عمان ، ودولة قطر ، ومعالي الأمين العام لمجلس التعاون ، بهدف وضع آلية لبدء المفاوضات المُباشرة لحل قضية احتلال إيران للجزر الثلاث . وكانت دول المجلس تتطلع لأن يكون استقبال إيران لهذه اللجنة والتعامل معها مدخلاً هاماً يُمهِّد لحل قضية الجـزر الثلاث . ولكن إيران رفضت استقبال هذه اللجنة.
وفي تحرك دولي موسع ، ناشدت دول مجلس التعاون الدول والمجموعات الإقليمية والدولية ، بالعمل على إقناع إيران وحثها على القبول بالجهود السلمية للإمارات العربية المتحدة لحل قضية الجزر الثلاث.