أولا المجلس الأعلى:
هو السلطة العليا لمجلس التعاون، ويتكون من رؤساء الدول الاعضاء، ورئاسـته دورية حسب الترتيب الهجائي لأسماء الدول، ويجتمع في دورة عادية كل سـنة، ويجوز عقد دورات اسـتثنائية بناء على دعوة أي دولة عضو، وتأييد عضو آخر. وفي قمة أبو ظبي لعام 1998، قرر المجلس الاعلى عقد لقاء تشاوري فيما بين القمتين السابقة واللاحقة. ويعتبر انعقاد المجلس صحيحا إذا حضر ثلثا الاعضاء الذين يتمتع كل منهـم بصوت واحـد، وتصدر قـراراتـه في المسـائل الموضـوعيـة بإجماع الدول الاعضاء الحاضرة المشـتركة في التصويت، وفي المسـائل الاجـرائية بالأغلبية. (النظام الأساسي).
الهيئة الاستشارية للمجلس الأعلى:
وهي مكونة من ثلاثين عضوا على أساس خمسة أعضاء من كل دولة عضو يتم اختيارهم من ذو الخبرة والكفاءة لمدة ثلاث سنوات. وتختص الهيئة بدراسة ما يحال إليها من المجلس الأعلى (نظام الهيئة).
هيئة تسوية المنازعات:
تتبع المجلس الأعلى هيئة تسوية المنازعات التي يشكلها المجلس الأعلى في كل حالة حسب طبيعة الخلاف (النظام الأساسي).
ثانيا المجلس الوزاري:
يتكون المجلس الوزاري من وزراء خارجية الدول الاعضاء او من ينوب عنهم من الوزراء، وتكون رئاسته للدولة التي تولت رئاسة الدورة العادية الاخيرة للمجلس الاعلى ويعقد المجلس اجتماعاته مرة كل ثلاثة أشهر ويجوز له عقد دورات استثنائية بناء على دعوة أي من الاعضـاء وتأييد عضـو آخر، ويعتبر انعقاده صحيحا إذا حضر ثلثا الدول الاعضاء. وتشمل اختصاصات المجلس الوزاري، من بين امور اخرى، اقتراح السياسات ووضع التوصيات الهادفة لتطوير التعاون بين الدول الاعضاء، والعمل على تشجيع وتنسيق الانشطة القائمة بين الدول الاعضاء في مختلف المجالات، وتحال القرارات المتخـذة في هـذا الشـأن الى المجلـس الـوزاري الـذي يرفع منهـا بتوصية الى المجلـس الاعلـى ما يتطلب موافقته. كما يضطلع المجلس بمهمة التهيئة لاجتماعات المجلس الاعلى واعداد جدول اعمالـه. وتماثل اجـراءات التصويت في المجلـس الـوزاري نظيرتهـا في المجلــس الاعلى (النظام الأساسي).
ثالثا الأمانة العامة:
تتلخص اختصاصات الأمانة العامة في إعداد الدراسات الخاصة بتعزيز التعاون والتنسيق والتكامل في خطط وبرامج ومشروعات العمل الخليجي المشترك، وإعداد تقارير دورية عن أعمال المجلس، ومتابعة تنفيذ القرارات، وإعداد التقارير والدراسات التي يطلبها المجلس الأعلى أو المجلس الوزاري، والتحضير للاجتماعات وإعداد جداول أعمال اجتماعات المجلس الوزاري ومشروعات القرارات، وغير ذلك من المهام المنصوص عليها في النظام الأساسي لمجلس التعاون.
و يتألف الهيكل التنظيمي للأمانة العامة من :
• أمين عام يعينه المجلس الأعلى.
• خمسة أمناء مساعدين للشؤون السياسية والمفاوضات، والشؤون الاقتصادية والتنموية، والشؤون العسكرية، والشؤون الأمنية، والشؤون التشريعية والقانونية، ويعينهم المجلس الوزاري بترشيح من الأمين العام.
ويتبع الأمانات المساعدة عدد من القطاعات والإدارات التخصصية، بحيث:
o يتبع الأمانة المساعدة للشؤون السياسية والمفاوضات: قطاع الشؤون السياسية، وقطاع الحوار الاستراتيجي والمفاوضات، وعدد من الإدارات.
o يتبع الأمانة المساعدة للشؤون الاقتصادية والتنموية: قطاع الشؤون الاقتصادية، وقطاع شؤون الانسان والبيئة والمكتب الفني لمكافحة الممارسات الضارة بالتجارة الدولية، وعدد من الإدارات.
o يتبع الأمانة المساعدة للشؤون العسكرية عدد من الإدارات.
o يتبع الأمانة المساعدة للشؤون الأمنية مركز مجلس التعاون لإدارة حالات الطوارئ وجهاز الشرطة الخليجية ومركز المعلومات الجنائية لمكافحة المخدرات وعدد من الإدارات.
o يتبع الأمانة المساعدة للشؤون التشريعية والقانونية: قطاع الشؤون التشريعية، وقطاع الشؤون القانونية، ومكتب شؤون الهيئة الاستشارية للمجلس الأعلى، ومكتب الهيئة القضائية الاقتصادية لمجلس التعاون.
• يتبع الأمين العام مكتب مبعوث الأمين العام إلى الجمهورية اليمنية.
• يتبع الأمين العام رؤساء البعثات الخارجية. ويعينهم المجلس الوزاري بترشيح من الأمين العام ، وهي:
o بعثة مجلس التعاون لدى الاتحاد الأوروبي – بروكسل.
o بعثة مجلس التعاون في جنيف.
o بعثة مجلس التعاون في فيينا.
o بعثة مجلس التعاون لدى الجمهورية اليمنية
o مكتب المراقب الدائم لمجلس التعاون لدى الأمم المتحدة – نيويورك.
• كما يتبع الأمين العام عدد من إدارات العموم والإدارات التخصصية، وهي:
o مكتب الأمين العام
o مكتب هيئة الشؤون الاقتصادية والتنموية
o مكتب براءات الاختراع
o الإدارة العامة للمفاوضات
o الإدارة العامة للتخطيط الاستراتيجي والتطوير
o الإدارة العامة للتحول الرقمي وتقنية المعلومات
o الإدارة العامة للتواصل الاستراتيجي
o الإدارة العامة للشؤون المالية والإدارية
o الإدارة العامة لشؤون المجلس الأعلى والمجلس الوزاري
o إدارة الرقابة الداخلية
o إدارة المراسم
o إدارة مكتب إدارة المشاريع
الهيكل التنظيمي العام للأمانة العامة