إدراكاً من أصحاب السمو والمعالي وزراء الداخلية بدول مجلس التعاون لأهمية البحث العلمي وإثراء المكتبة الأمنية بالدراسـات التي تتناول الظواهر الأمنية ، التي بدأت تأخذ أبعاداً وأشكالاً وصوراً غير مألوفة في مجتمعاتنا الخليجية خاصة ومحيطنا الإقليمي والدولي بشكل عام ، وتمشياً مع الأهداف السامية لمجلس التعاون وما تضمنته المادة الرابعة من نظامه الأساسي من توجهات لدعم التقدم العلمي وتشجيع البحوث والدراسات في الدول الأعضاء ، وتقديراً لجهود الباحثين والمتخصصين والمهتمين بالجوانب الأمنية ، لا سيما من أبناء دول المجلس ، فقد أقرّ أصحاب السمو والمعالي وزراء الداخلية في اجتماعهم السادس عشر (الدوحة ، 1997) نظام جائزة مجلس التعاون للبحوث الأمنية . وبدأت انطلاقة الجائزة والإعلان عنها في عام 2000م ، حيث خصص لها ستون ألف ريال سعودي في البداية ، إلا أن الإقبال المتزايد من قبل الباحثين والباحثات من مواطني دول المجلس على التنافس في بحوثهم دفع أصحاب السمو والمعالي وزراء الداخلية إلى رفع قيمة الجائزة إلى مائتي ألف ريال سعودي . وخلال هذه الفترة من عمر الجائزة جرى تطوير نظامها ولائحتها التنفيذية بما يتناسب مع ما يشهده العصر من تطور علمي وتقني.

وفي الاجتماع السابع والعشرين لأصحاب السمو والمعالي وزراء الداخلية بدول المجلس (الدوحة ، 6 نوفمبر 2008) تم إقرار النظام الأساسي الجديد للجائزة ولائحته التنفيذية ، مع رفع قيمة الجائزة إلى أربع مائة ألف ريال سعودي بدلاً من مائتي ألف ريال سعودي.

وفي الإجتماع الثامن والعشرين لأصحاب السمو والمعالي وزراء الداخلية (مسقط ، 27 أكتوبر 2009) تم منح الجائزة وموضوعها الحوادث المرورية : "الأبعاد ، النتائج ، الحلول" مناصفة بين فائزين في إحتفالية على هامش الإجتماع.

في الاجتماع التاسع والعشرين لأصحاب السـمو والمعالي وزراء الداخلية ، المنعقد في 2 نوفمبر 2010 ، تم إقرار مشروع اللائحة التنظيمية الموحدة لكراسي البحوث الأمنية بالجامعات الوطنية لدول المجلس ، وإقرار نظام جائزة مجلس التعاون لدول الخليج العربية المعدّل.

ولقد منحت جائزة مجلس التعاون للبحوث الأمنية للعام 2011م ، والتي كان موضوعها "التركيبة السكانية وأثرها على الأمن في دول مجلس التعاون" ، مناصفة بين بحثين فائزين.

أما جائزة مجلس التعاون للبحوث الأمنية لعام 2013 ، فلقد تم اقرار موضوعها تحت عنوان "برامج التوعية في ظل التحديات الأمنية لشباب مجلس التعاون لدول الخليج العربية".