صدرت عن المجلس الأعلى العديد من القرارات في المجال الزراعي ، بهدف تحقيق التكامل الزراعي بين دول المجلس ، وتطوير العمل المشترك بين دوله ، حيث تعمل هذه القرارات على توحيد القوانين (الأنظمة) على ضوء أهداف الاتفاقية الاقتصادية لدول المجلس ، وتشمل ما يلي :
1. قانون (نظام ) الأسمدة ومحسنات التربة الزراعية ، للعام 2004م
يتوافق هذا القانون (النظام) والتوجه العام لحماية البيئة الزراعية الخليجية لتشابهها من حيث الظروف المناخية وطبيعة التربة ويعكس الإطار العام الذي تنتهجه لجنة التعاون الزراعي حول تفعيل التعاون بين دول المجلس وتوحيد القوانين والتشريعات التي تحافظ على البيئة الزراعية الخليجية بمكوناتها التربة وأنواع المحاصيل والمناخ.
تم تطبيق هذا القرار في جميع دول المجلس وقد بنيت مواد هذا القانون أو التشريعات وفق التشريعات الدولية التي صدرت في هذا النطاق وإتخاذها كمراجع أساسية مع إضافة السمة الخليجية ذات الخصوصية بما تحقق الأهداف المنشودة. كما تم إقرار اللائحة التنفيذية لقانون (نظام) الأسمدة ومحسنات التربة بصفة إلزامية في الإجتماع العشرين للجنة التعاون الزراعي (مسقط ، يونيو 2009م).
2. قانون (نظام) المبيدات ، للعام 2004م
تعتبر حماية المنتجات الزراعية من الآفات والأمراض من أساليب مقومات النجاح في خلق بيئة زراعية سليمة. وإستخدام المبيدات له عواقب وخيمة إذا لم تقنن ويتم معرفة الأنواع المناسبة لمكافحة الآفات ، وكذلك الكميات ، وطرق إستخدامها وصلاحيتها ، وحتى يتسنى لدول المجلس منع الإسـتخدام السيئ للمبيدات ، وكذلك حماية المنتجات الـزراعية ، والمواطن والبيئة من التأثيرات السلبية لها ، أقر المجلس الأعلى هذا القانون (النظام) ليشرع عملية تداول وبيع المبيدات بأسلوب علمي يحقق أهداف التنمية الزراعية ، وتطوير المحاصيل ، والمنتجات ، كما يمنع الإستخدام الضار للمبيدات ، ويشرع العلاقة بين المستورد ، والمنتج ، والمستهلك لهذه المبيدات.
وقد تم تطبيق هذا القرار في جميع دول المجلس وأعتمدت اللجان الفنية التشريعات الدولية التي صدرت في هذا المجال كأحد المراجع الأساسية في إعداد هذا القانون (النظام). كما أقرت لجنة التعاون الزراعي اللائحة التنفيذية لهذا القانون في إجتماعها السابع عشر الذي عقد في يونيو 2006م.
3. قانون ( نظام ) البذور والتقاوي والشتلات للعام 2008م
يهدف هذا القانون (النظام) لتحقيق تنمية فعالة للمحاصيل الزراعية وخلق بيئة إنتاجية سليمة كما يقنن التشريعات الملائمة التي تحكم العلاقة بين الجهات المنتجة أو المستوردة للبذور والتقاوي والشتلات بأسلوب يحمي المحاصيل المستوطنة ويمنع دخول الأنواع الرديئة وكذلك المصابة بالفيروسات والأمراض.
وقد تم تطبيق هذا القانون (النظام) من قبل جميع الدول الأعضاء ، كما أقرت لجنة التعاون الزراعي اللائحة التنفيذية للقانون (النظام) بصفة إلزامية في إجتماعها العشرين(مسقط ، يونيو 2009).


4. قانون (نظام) مزاولة مهنة الطب البيطري
يأتي هذا القانون (النظام) ولائحته التنظيمية تتويجاً لجهود لجنة التعاون الزراعي في المحافظة على الثروة الحيوانية وتنميتها من خلال تعزيز قدرات الاطباء البيطريين والمستشفيات والعيادات والصيدليات البيطرية . ولقد اعتمد المجلس الأعلى هذا القانون (النظام) في دورته الثانية والثلاثين (الرياض ، ديسمبر 2011م).

5. قانون (نظام) الرفق بالحيوان
يهدف هذا القانون (النظام) ، إلى الرفق بالحيوان واخذ جميع الاحتياطات التي تضمن عدم الإضرار أو إلحاق الأذى أو التسبب في ألم أومعانة الحيوانات ، والمستمدة من تعاليم الدين الإسلامي الحنيف . وقد تم اعتماد هذا القانون (النظام) من قبل المجلس الأعلى في دورته الثانية والثلاثين (الرياض ، ديسمبر 2011م).

6. قانون (نظام) المستحضرات البيطرية
يهدف قانون (نظام) المستحضرات البيطرية للتحكم في تسجيل شركات المستحضرات البيطرية ومصانعها ومنتجاتها والتأكد من تطبيقها لأسس الممارسة الجيدة للتصنيع الدوائي . وقد تم اعتماد هذا القانون (النظام) من قبل المجلس الأعلى في دورته الثانية والثلاثين (الرياض ، ديسمبر 2011م).