​​انطلاقا من أهمية المشروع وانجازه حسب المواعيد المقررة، تتابع الأمانة العامة للمجلس مع الدول الأعضاء مراحل تنفيذه للتأكد من تنفيذه كمشروع متكامل ومتوائم مع شبكات السكك الوطنية وذلك من خلال عقد اجتماعات دورية للجنة المالية والفنية المكلفة باستكمال الدراسات التفصيلية للمشروع.

وفي هذا الصدد تقوم الامانة بمتابعة مراحل التنفيذ من خلال جدول متابعة لتقدم سير العمل للتنفيذ لإنجازه في الموعد المتفق عليه وبأفضل المواصفات والمقاييس، كما تتابع سير العمل لدراسة الربط بين مملكة البحرين والمملكة العربية السعودية بمشروع سكة حديد دول المجلس عن طريق جسر مقترح انشاؤه بين البلدين، وتقوم الامانة العامة برفع توصيات اللجنة المالية والفنية بشان المشروع الى اللجان الوزارية المختصة (وزراء النقل والمواصلات ووزراء المالية والاقتصاد بدول المجلس).

كما تتولى الامانة العامة التنسيق والتعاون مع عدد من المؤسسات الدولية ذات الخبرة في مجال النقل والمواصلات لدراسة وتنفيذ هذا المشروع بما يتماشى مع افضل المواصفات والمعايير الدولية.