بعد إتفاق دول المجلس على تعرفة جمركية موحدة وتحديد موعد قيام الاتحاد الجمركي ، ورغبة منها في التأكيد على أنها تعمل كمجموعة واحدة لتعميق أواصر التعاون مع الدول العربية ، باعتبارها العمق الاستراتيجي لدول المجلس في مواجهة التكتلات الدولية ، وافق المجلس الوزاري في دورته الثامنة والسبعين (مارس 2001م) من حيث المبدأ ، وبناءً على توصية لجنة التعاون المالي والاقتصادي ، على دخول دول المجلس بشكل جماعي في مفاوضات مباشرة مع أهم الشــركاء التجاريين العرب ، للوصـول إلى الإعفـاء المتبادل الكامل لجميع الســلع ، وإلغاء القيود الجمركية وغير الجمركية والضرائب الأخرى ذات الأثر المماثل بين دول المجلس وهذه الدول. 

وتنفيذاً لذلك ، إنضمت جميع دول المجلس إلى إتفاقية التجارة الحرة العربية الكبرى التي دخلت حيز التنفيذ في عام 2005 . وسبق ذلك التوقيع على اتفاقية إقامة منطقة تجارة حرة بين دول المجلس والجمهورية اللبنانية في عام 2004م ، كما تم التوقيع بالأحرف الأولى على اتفاقية مماثلة مع الجمهورية السورية ، الا انه لم يتم التوقيع النهائي على هذه الاتفاقية بعد . كما أن هناك اتصالات جارية بين دول المجلس كمجموعة وبعض الدول العربية الأخرى للنظر في الآلية المناسبة لتعزيز وتطوير التعاون الاقتصادي بين دول المجلس وهذه الدول.