أقرّ المجلس الوزاري في دورته الحادية عشرة (يونية 1984) مبدأ الدخول في مفاوضات مباشرة بين دول المجلس كمجموعة ، وبين الدول والمجموعات الاقتصادية الدولية ، وحدد من بينها اليابان التي ترغب دول المجلس في تطوير علاقاتها معها . وعقدت الجولة الأولى من المحادثات الاستطلاعية بين الجانبين في طوكيو 1987 وأعقبها ثلاث جولات أخرى ، الرابعة منهـا في الرياض في يناير 1995م . وقد بحثت في هذه الجولات مجالات التعاون المختلفة ، وتشمل الاستثمار والتجارة ونقل التقنية والتدريب والطاقة والمواصفات . وكان تناول هذه المواضيع يتم بشكل عام دون التوصل إلى اقتراحات محددة. إلاّ أنه في الجولة الأخيرة ، وبناء على رغبة من دول المجلس ، وافق الجانب الياباني من حيث المبدأ على تشكيل فريق عمل للتجارة والاستثمار ، على أن يتفق لاحقاً على كيفية تشكيله وبرنامج عمله ، إلا أنه لم يتم اتخاذ أي إجراء بشأن ذلك. 

بعد انقطاع في الحوار الاقتصادي بين الجانبين استمر سنوات ، أبدت اليابان في فبراير 2006 رغبتها في تطوير علاقاتها الاقتصادية والتجارية والاستثمارية مع دول المجلس وإقامة منطقة تجارة حرة معها . وتم الاتفاق على النظر في إمكانية إبرام اتفاقية تجارة حرة بين الجانبين ، وعقد اجتماع للخبراء لبحث آلية البدء في المفاوضات للوصول إلى هذه الاتفاقية.

بدأت المفاوضات بين دول المجلس واليابان للتوصل إلى اتفاقية للتجارة الحرة بعقد عدد من الجولات والاجتماعات الفنية ، أولها في طوكيو في سبتمبر 2006 ، وآخرها في الرياض في مارس 2009 ، تم فيها مناقشة الموضوعات المتعلقة بهذه الاتفاقية.