بعد سـقوط النظام العـراقي السـابق في العام 2003م ، رحب مجلس التعاون بالتعاون القائم بين دولة الكويت وجمهورية العراق بشأن ما تعرض له البلدان من معاناة نتيجة للممارسات غير الإنسانية التي قام بها النظام العراقي السابق تجاه الشعبين الشقيقين الكويتي والعراقي . وشدد مجلس التعاون على ضرورة إستكمال العراق تنفيذ كافة قرارات مجلس الأمن الدولي ذات الصلة . ورحب في هذا الخصوص بالبدء بعملية صيانة العلامات الحدودية بين دولة الكويت وجمهورية العراق ، والإســراع في إزالــة التجـاوزات العراقيــة التـي تعيق عملية صيانتها ، وفقاً للبرنامج الزمني المعد لهذا الشأن تنفيذاً للقرار 833 ، والانتهاء من مسألة تعويضات المزارعين العراقيين تنفيذاً للقرار 899 ، والتعرف على مصير من تبقى من الأسرى والمفقودين من مواطني دولة الكويت وغيرهم من مواطني الدول الأخرى ، وإعادة الممتلكات والأرشيف الوطني لدولة الكويت ، وحث الأمم المتحدة والهيئات الأخرى ذات العلاقة على الاستمرار في جهودها القيمة لإنهاء تلك الالتزامات . وأكد مجلس التعاون دعمه لقرار مجلس الأمن رقم 2107 الذي قرر بالإجماع إحالة ملف الأسرى والمفقودين وإعادة الممتلكات الكويتية إلى بعثة الأمم المتحدة UNAMI لمتابعته . وعبر المجلس عن أمله في مواصلة الحكومة العراقية جهودها وتعاونها مع دولة الكويت والمجتمع الدولي في هذا الشأن.

كما رحب مجلس التعاون بالاتفاق المبرم بين دولة الكويت وجمهورية العراق حول تنظيم الملاحة البحرية في خور عبدالله ، وبالاتفاق بينهما لإسقاط الدعاوى والأحكام عن الخطوط الجوية العراقية.