تعطي الفترة الانتقالية (2003 ـ 2015) الـدول الأعضـاء فرصة للتأقلم مع بعض جوانب الاتحاد الجمركي في النواحي التالية:
* استيراد الأدوية والمستحضرات الطبية.
* استيراد المواد الغذائية.
* استمرار الحماية الجمركية لبعض السلع في بعض الدول الاعضاء.
* استمرار حماية الوكيل المحلي في بعض الدول الأعضاء.
* استمرار بعض المهام الجمركية للمراكز البينية في دول المجلس.
* التحصيل المشترك للإيرادات الجمركية.
وتحدد وثيقة "إجراءات وخطوات تطبيق الاتحاد الجمركي" الأحكام الخاصة بالفترة الانتقالية ، وبنهاية تلك الفترة فمن المقرر أن يتم العمل بالوضع النهائي للاتحاد الجمركي وذلك بإنهاء الدور الجمركي في المراكز البينية ، ويصبح مجلس التعاون منطقة جمركية واحدة تنفيذاً لقرار المجلس الاعلى في دورته الحادية والثلاثين (ابوظبي ، ديسمبر 2010).