أقرّ المجلس الأعلى إقامة الإتحاد الجمركي لدول مجلس التعاون اعتباراً من الأول من يناير 2003م . وتم إنشاء هيئة للإتحاد الجمركي ، بدأت أعمالها في الأول من يونيه 2012م ، وذلك بهدف استكمال متطلبات إنشاء الإتحاد الجمركي ، التي تشمل آلية توزيع الحصيلة الجمركية ، والحماية الجمركية ، والتعامل مع السلع الأمريكية التي تستورد من خلال مملكة البحرين وسلطنة عمان ، وحماية الوكيل المحلي ، وتوحيد الإجراءات الجمركية ، ومنتجات المصانع الوطنية في المناطق الحرة . وتعتبر مهام هيئة الإتحاد الجمركي برنامجاً زمنياً لتطبيق الوضع النهائي للإتحاد الجمركي بكامل متطلباته في الأول من يناير 2015م.